Для более эффективной реализации полномочий, возложенных на Федеральную нотариальную палату, были созданы комиссии, отвечающие за определенные направления развития института нотариата. В рамках комиссий обсуждаются научные, методические, практические, организационные, правовые и правоприменительные вопросы деятельности российского нотариата.

На сегодняшний день при Федеральной нотариальной палате постоянно действуют:

• Комиссия по методической работе — занимается изучением вопросов правоприменительной практики, а также подготовкой методических рекомендаций для нотариусов России;
• Комиссия по контролю за деятельностью нотариальных палат — осуществляет контроль за соблюдением законодательства и требований внутренних нормативных актов Федеральной нотариальной палаты нотариальными палатами субъектов РФ;
• Комиссия по профессиональной этике — изучает вопросы внутрикорпоративной этики, взаимоотношений нотариусов и клиентов, организации нотариальной деятельности, а также контролирует исполнение Кодекса профессиональной этики нотариусов в Российской Федерации;
• Комиссия по использованию информационных технологий — исследует вопросы использования информационных технологий в нотариальной практике и организационной деятельности нотариального сообщества;
• Комиссия по исследованию исторического наследия российского нотариата — занимается исследованием исторических корней нотариата России;
• Бюджетная комиссия — разрабатывает рекомендации по экономической деятельности Федеральной нотариальной палаты;
• Уставная комиссия — осуществляет анализ положений Устава Федеральной нотариальной палаты и уставов нотариальных палат субъектов Российской Федерации, а также нормативных актов нотариального сообщества на предмет соответствия их законодательству Российской Федерации;
• Комиссия по вопросам социальной политики — разрабатывает концепцию социального развития института нотариата и механизмы ее реализации;
• Ревизионная комиссия — занимается контролем финансово-хозяйственной деятельности Федеральной нотариальной палаты и выполнением решений Собрания представителей нотариальных палат субъектов Российской Федерации;
• Мандатная комиссия — осуществляет проверку и регистрацию полномочий представителей нотариальных палат субъектов Российской Федерации на Собрании представителей нотариальных палат субъектов Российской Федерации;
• Комиссия по выборам — осуществляет реализацию и защиту избирательных прав нотариусов, занимающихся частной практикой, и нотариальных палат субъектов Российской Федерации, подготовку и проведение выборов путем тайного голосования;
• Комиссия по международному сотрудничеству — поддерживает инициативы Федеральной нотариальной палаты по укреплению международных связей в системе Международного союза нотариата и развитию профессионального сотрудничества с нотариальными сообществами зарубежных стран;
• Комиссия по имиджу, взаимодействию со СМИ и общественными организациями — осуществляет укрепление положительного имиджа института нотариата, развитие взаимодействий с общественностью, институтами гражданского общества, в том числе со средствами массовой информации, общественными организациями и объединениями;
• Совет молодых нотариусов ФНП — занимается оказанием помощи молодым нотариусам, помощникам и стажерам нотариусов в профессиональном становлении и социальной адаптации в нотариальном сообществе;
• Комиссия по оказанию помощи нотариальным палатам с низким уровнем доходов — оказывает содействие нотариальным палатам субъектов Российской Федерации с низким уровнем дохода в реализации их полномочий.